營業秘密是企業的命脈，以全世界最重要的秘密「可口可樂的配方」為例，就擁有700多億美元的商標價值。對企業來說，當然要竭盡所能避免秘方外流。打智財官司，也沒有人願意把自己的營業秘密攤在法庭上，讓對手得知秘密，因此，開庭過程猶如雞同鴨講。

        智財訴訟新制，為了鼓勵秘密持有者可以保護秘密，參照日本法制增設「秘密保持命令」制度，凡是證據等訴訟資料涉及營業秘密者，秘密持有人可以向法院聲請秘密保持命令，如此一來秘密文件都會被彌封，只有承辦法官與書記官可以接觸；而受秘密保持命令的人，不可以將該秘密作為訴訟以外的用途，或是向未受秘密保持命令的人公開，避免影響秘密持有人原本的營業活動及商機。

       不過，也有例外，如果受秘密保持命令的人可以證明在秘密保持命令聲請前，已經透過其他途徑取得或持有該秘密者，就不受秘密保持命令的限制。

       以往只有案情涉及國防機密、國防安全或是性犯罪的案件，才會不公開審判。智財訴訟新制為了徹底保護營業秘密，也破天荒的納入不公開審判制度。如果當事人擔心公開審判會使營業秘密外洩，也可以向法院聲請，或是經由雙方人馬協商同意不公開審判。

       營業秘密包括方法、技術、製程、配方、程式、設計或其他用於生產、銷售或經營等一般同業並不知道的資訊，正因為其「秘密」性質，具有實際或潛在的經濟價值，企業必須進而採取嚴密的保密措施，才能夠主張是「秘密」。

       想要聲請秘密保持命令的秘密持有人，必須準備書狀，記載應受秘密保持命令者的身分、應受命令保護的營業秘密為何，詳細解釋種類、性質與範圍；或指出已調查、應調查的證據中有何營業秘密，並說明限制使用該秘密的必要性、如果公開會造成何等損害等具體內容。

       法院一旦接到秘密保持命令的聲請，即使案件正在進行，在裁定確定前，仍要暫停有關營業秘密部分的審理。如果有必要聽取相對人的意見，也要把秘密外洩的可能降到最低，原則上秘密都只向訴訟代理人公開，非有必要訴訟當事人雙方都不得得知對方的營業秘密。秘密持有人也可以對訴訟代理人聲請秘密保持命令，限制不得對外公開秘密。

       秘密保持命令的威力，在於有刑責的加持，一旦受命令的人違反規定，法院可以處三年以下有期徒刑、拘役或科或併科10萬元以下罰金。不過該項刑責屬告訴乃論，秘密持有人可自行決定要不要追訴。

       營業秘密的規定其實並非創舉，只是從前不夠周延，只規定法院不公開審判、不准許或限制相對人閱覽訴訟資料。實務上，最需要保密的其實是一起打官司的競爭同業，且如果一味的限制相對人不准閱覽訴訟資料，也是罔顧當事人的辯論權利，因此智財訴訟新制訂定的秘密保持命令機制，目的是兼顧訴訟的進行與營業秘密的保護，降低當事人提供營業秘密的損害。

       不過即便法院發布秘密保持命令，在訴訟的過程，還是可能發生受秘密保持命令限制的人請求閱覽訴訟卷宗。為了避免秘密外洩，法院書記官會通知聲請秘密保持命令的人，讓聲請人可以衡量要不要追加聲請命令，而書記官在通知聲請人後14天內，以及追加聲請的裁定確定前，不可以把卷宗交給請求人閱覽。

企業要注意的是，如果因為執行業務而違反命令的是法人的負責人、法人或自然人的代理人、受僱人或其他從業人員，除了處罰行為人，還要再對法人或自然人科處罰金。

       至於秘密保持命令的救濟方式，僅限秘密持有人聲請命令遭駁回時，可以抗告；如果法院已經准許秘密保持命令，持有人或相對人只能聲請撤銷命令，不可以提出抗告，以免在抗告過程發生秘密外洩、卻無法可管的情況。

有趣的是，發展出秘密保持命令的日本，其智財專業法院「知的財產裁判所」，從2005年4月1日至今，受理的秘密保持命令聲請只有一件，且最後以和解收場。如此奇特的現象，可能與秘密保持命令沒有時效、有刑責有關。一旦秘密洩漏，就可能被列為洩密的嫌疑犯，吃上刑責，導致背負秘密保持命令變成一個沉重的負擔、一顆不定時炸彈，也成為雙方人馬互相牽制的工具。